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方静平副教授

时间:2021-01-21浏览:5917

方静平

一、个人简介

方静平,农学博士,福建师范大学生命科学学院副教授、硕士生导师,澳大利亚昆士兰大学(The University of Queensland,世界排名前50)兼职教师(Adjunct Senior Fellow),福建省高层次人才(C类),国家公派高级访问学者,《Tropical Plants》与《福建师范大学学报(自然科学版)》期刊青年编委,福建省生物信息学学会会员。聚焦从事植物基因组学与生物信息学方向的研究,特别是热带植物和海洋微藻比较基因组学与功能基因组学的数据挖掘、分析流程开发和下游功能验证等基础研究工作。承担本科生《科技写作与文献检索》和《生物化学实验》,博士生《生物信息学》等课程,参与《细胞生物学》国家和福建省一流本科课程和五类“金课”建设项目,国家级一流本科课程《细胞生物学》骨干成员2020-2021年校优秀班主任;现已主持国家自然科学基金、福建省自然基金、省(市)级科技特派员、省教育厅基金等10余项目,作为第二主要成员参与国家(部委)级项目和省面上基金5项,作为其他成员参与国家级、省(厅)级、企事业等项目8项。已在《Nature Genetics》、《Plant Biotechnology Journal》、《Genomics, Proteomics & Bioinformatics》、《Journal of Integrative Agriculture》、《Frontiers in Plant Science》等国内外著名刊物发表学术论文50余篇,其中第一或通讯作者(含同等贡献)SCI论文12篇(含8JCR Q1)、中文核心论文8篇。《Tropical Plants》、《Frontiers in Plant Biology》、《Frontiers in Genetics》、《International Journal of Molecular Sciences》、《Foods》、《Tropical Plant Biology》、《Mitochondrial DNA Part B》、《PeerJ》等SCI主流期刊审稿人。

主要教育与工作经历:

2024.01-至今

澳大利亚昆士兰大学QAAFI实验中心,兼职资深研究人员(Adjunct Senior Fellow);

2022.11-2023.12

澳大利亚昆士兰大学(UQ, 世界50强)QAAFI实验中心,国家公派高级访问学者,合作导师:Robert Henry,澳大利亚技术科学与工程院院士;

2020.12-至今

福建师范大学生命科学学院,副教授;

2017.08-2020.12

福建师范大学生命科学学院,讲师;

2017.01-2017.07

福建农林大学海峡联合研究院基因组中心,助理研究员;

2013.07-2014.08

美国伊利诺伊大学香槟校区(UIUC, 世界50强)博士交换生,导师:Ray Ming/陈如凯教授;

2006.09-2016.12

福建农林大学作物科学学院获农学博士学位(保研、硕博连读)

二、研究方向和领域

聚焦于茉莉花、番木瓜、甘蔗等(亚)热带植物及海洋微藻的基因组学和生物信息学研究领域,主要包括:

(1) 利用测序新技术和新算法辅助和改善高杂合复杂基因组组装和分型;

(2) 新算法解决高重复多环复杂结构线粒体基因组组装;

(3) 核基因组、叶绿体和线粒体基因组比较结构基因组学/分子演化;

(4) 与重要农艺品质关联的泛基因组结构变异鉴定和功能基因组学研究;

(5) 多组学联合分析挖掘植物重要功能基因并解析其生物学机制;

(6) 开发SNPSSR等分子遗传标记辅助经济作物育种。


招生方向生物化学与分子生物学、生态学、生物技术与工程专业。以植物基因组学和生物信息学方向的研究为主,特别欢迎生物学背景、计算机背景或者有一定计算机编程基础的学生报考。分析项目需要对linux系统、python/perl语言、R语言具有一定的基础,熟悉awk/sed/grep命令(至少掌握一门编程语言,零基础可入学后培训),会用PhotoshopAi绘图软件进行图片排版。

学生指导:指导的首届硕士毕业生(2023届)盲审3A,获校优秀硕士学位论文、国家奖学金、校优秀毕业生等荣誉;其余硕士(尚未毕业)均获得校级以上奖学金;指导多名本科生获校优秀毕业生称号。


三、主要科研项目

主持项目:

 (1) 球等鞭金藻(Isochrysis galbana)岩藻黄素合成途径关键基因挖掘及其对光质的响应机制研究,41906096,国家自然科学基金青年基金,2020/01-2022/12,主持,已结题;

 (2) 茉莉花泛基因组结构变异鉴定及其对重要农艺品质的影响,2023J01508,福建省自然科学基金项目,2023/08-2026/08,主持,在研;

(3) 甘蔗割手密(S. spontaneum)全基因组微卫星标记的开发和多态性鉴定,2019J05066,福建省自然科学基金项目,2019/04-2022/04,主持,已结题;

(4) 不同光质下球等鞭金藻(Isochrysis galbana)岩藻黄素生物合成的表达谱研究,JT180082,福建省教育厅项目(A)2018/10-2021/09,主持,已结题;

(5) 茉莉酸甲酯(MeJA)对茉莉花香气成分组成和含量的调控技术研究,2021-N-119,福州市科技计划项目(星火计划),2021/06-2023/06,主持,已结题;

(6) 甘蔗高贵种“中果”串联复制基因的基因组学特征研究,广西甘蔗生物学重点实验室开放课题,2020/07-2022/06,主持,已结题;

(7) 2023-2024年福建省科技特派员工作经费,主持;

(8) 2018-2019年福建省科技特派员工作经费,主持;

(9) 2018-2021年福州市科技特派员工作经费,主持;

(10) 2022-2024年福建省科技特派员“茉莉花种质改良创新与绿色种植”团队,主持;2021-2022年福州市科技特派员“茉莉花种质资源创新和利用”团队,主持;

(11) 福建师范大学高层次人才引进科研启动项目,主持;

(12) 福建师范大学生命科学学院2021年“溪源江学者”扶持计划项目(科研骨干扶持项目),2022/01-2023/01,主持,已结题;

(13) 福建师范大学生命科学学院2018年“溪源江学者”扶持计划项目(科研骨干扶持项目),2018/11-2019/11,主持,已结题;

参与项目:

 (14) 大肠杆菌持留菌耐药的遗传基础及杀灭新方法,2021J02029,福建省基金重点项目,2021/12-2024/12,排名第2,在研;

(15) 糖料副产物综合利用,部委其他项目,2021/06-2024/06,排名第2,在研;

(16) 基于Y2H-seq技术的梅花花香调控生物标志物PmEOB1互作体解析,2022J01639,福建省自然科学基金项目,2022/08-2025/08,排名第3,在研;

(17) 基于基因组学的藤壶综合防控技术研究,2022L3010,福建省科技厅引导性项目(省级重点项目),2022/08-2025/08,排名第6,在研;

(18) 螺旋藻固定燃煤电厂烟气CO2联产高附加值制品关键技术的研发,TZH2022-03,福建师范大学校管项目,2022/09-2024/09,排名第7,在研;

(19) 蔗汁与糖蜜综合利用,部委其他项目,2017/01-2020/12,排名第2,已结题;

(20) 不规则互作图可靠性及其在蛋白质相互作用网络中的应用,61702100,国家自然科学基金,2018/01-2020/12,排名第2,已结题;

(21) 野生和栽培菠萝基因组结构变异的比较及其对重要农艺性状的影响,31701874,国家自然科学基金,2018/01-2020/12,排名第3,已结题;

 (22) 番木瓜cpMYB24基因调控雄蕊发育的研究,2018J01601,福建省自然科学基金面上项目,2018/05-2021/04,排名第2,已结题;

(23) 文昌鱼性腺发育的分子机制,K20190281,福建省自然科学基金面上项目,2019/04-2022/04,排名第4,已结题;

(24) 文昌鱼哈氏窝调控性腺周年变化的分子机制,JT180104,福建省教育厅项目,2018/10-2021/10,排名第4,已结题;

(25) 几种贝类开发保健食品原料和精深加工技术研究,企事业单位委托科技项目,2018/05-2021/04,排名第4,已结题;

(26) 虾蟹类加工副产物生产壳寡糖技术及产品开发,企事业单位委托科技项目,2018/04-2021/03,排名第5,已结题。

四、代表性论著

 [1] Fang J*#(通讯及一作), Xu X#, Chen X#, Lin A#, Lei W, Lin S, Zhong C, Huang Y, He Y. The complete mitochondrial genome of Isochrysis galbana harbors a unique repeat structure and a specific trans-spliced cox1 gene[J]. Frontiers in Microbiology 2022, 13:966219. (JCR Q1)

[2] Yue J#, VanBuren R#, Liu J#, Fang J#(共同一作), Zhang X, Liao Z, Wai CM, Xu X, Chen S, Zhang S et al. SunUp and Sunset genomes revealed impact of particle bombardment mediated transformation and domestication history in papaya[J]. Nature Genetics 2022, 54: 715-724. (JCR Q1)

 [3] Wang P#, Fang J#(共同一作), Lin H#, Yang W, Yu J, Hong Y, Jiang M, Gu M, Chen Q, Zheng Y et al. Genomes of single- and double-petal jasmines (Jasminum sambac) provide insights into their divergence time and structural variations[J]. Plant Biotechnology Journal 2022, 20(7): 1232-1234. (JCR Q1)

 [4] Chen D#, Yuan X#, Zheng X#, Fang J#(共同一作), Lin G, Li R, Chen J, He W, Huang Z, Fan W et al: Multi-omics Analyses Provide Insight into the Biosynthesis Pathways of Fucoxanthin in Isochrysis galbana[J]. Genomics, Proteomics & Bioinformatics 2022, 20(6): 1138-1153. (JCR Q1)

 [5] Liu L, Wang H, Chen S, Cai M, Duo M, Li Y, Qi Y, Fang J*(共同通讯), Zhang J*. Genome-wide development of interspecific microsatellite markers for Saccharum officinarum and Saccharum spontaneum[J]. Journal of Integrative Agriculture 2022, 21(11): 3230-3244. (JCR Q1)

[6] Chen Q, Zhang X, Fang Y, Wang B, Xu S, Zhao K, Zhang J*, Fang J*(通讯). Genome-Wide Identification and Expression Analysis of the R2R3-MYB Transcription Factor Family Revealed Their Potential Roles in the Flowering Process in Longan (Dimocarpus longan)[J]. Frontiers in Plant Science 2022, 13: 820439. (JCR Q1)

[7] Lin E, Liao Z, Xu X, Zhang X, Fang J*(通讯). The complete chloroplast genome of the Chinese banyan tree Ficus macrocarpa[J]. Mitochondrial DNA Part B 2022, 7(3): 423-425. (JCR Q4)

 [8] Fang J, Wood AM, Chen Y, Yue J, Ming R*. Genomic variation between PRSV resistant transgenic SunUp and its progenitor cultivar Sunset[J]. BMC Genomics 2020, 21: 398. (JCR Q1)

 [9] Fang J*(通讯及一作), Lin A, Yuan X, Chen Y, He W, Huang J, Zhang X, Lin G, Zhang J, Xue T*. The complete chloroplast genome of Isochrysis galbana and comparison with related haptophyte species[J]. Algal Research 2020, 50: 101989. (JCR Q2)

[10] Fang J, Lin A, Qiu W, Cai H, Umar M, Chen R, Ming R*. Transcriptome Profiling Revealed Stress-Induced and Disease Resistance Genes Up-Regulated in PRSV Resistant Transgenic Papaya[J]. Frontiers in Plant Science 2016, 7: 855. (JCR Q1)

 [11] Fang J, Wood A, Chen R, Ming R*. Molecular basis of off-type microsatellite markers in papaya[J]. Euphytica 2016, 209(2): 323-339. (JCR Q2)

[12] Fang J, Miao C, Chen R, Ming R*. Genome-Wide Comparative Analysis of Microsatellites in Pineapple[J]. Tropical Plant Biology 2016, 9(3): 117-135. (JCR Q3)

[13] 廖毓森, 林少青, 陈钦常, 钟彩荣, 曾瑜, 方静平*. 外源茉莉酸甲酯对植物香气影响的研究进展[J]. 福建师范大学学报(自然科学版), 2023, 39(4): 46-56.

[14] 钟彩荣, 陈钦常, 许涵玥, 曾子航, 徐绍丝, 车丹丹, 方静平*, 何勇锦*. 光质对等鞭金藻的生长和生物活性产物合成的影响[J]. 天然产物研究与开发, 2023, 35(10): 1775-1781.

[15] 林恩文, 林榕榕, 陈钦常, 徐秀明, 方静平*. 龙眼全基因组序列SSR位点的挖掘及特征分析[J]. 福建农林大学学报(自然科学版), 2022, 51(4): 493-501.

[16] 方静平*, 陈钦常, 黄鹭强. 岩藻黄素生物合成途径及其对光照响应研究进展[J]. 福建师范大学学报(自然科学版), 2021, 37(5): 96-108.

[17] 林哲寅, 方静平*. ISO22000体系在大型活动餐饮服务食品安全保障中的应用[J]. 食品安全质量检测学报, 2021, 12(15): 6240-6248.

[18] 方静平, 林艺华, 杨川毓等. 抗环斑病毒番木瓜的开发技术及转基因对基因组影响研究进展[J]. 福建农林大学学报(自然科学版), 2016, 45(2): 121-128.

[19] 方静平, 阙友雄, 陈如凯*. 甘蔗属起源及其与近缘属进化关系研究进展[J]. 热带作物学报, 2014, 35(4): 816-822.

[20] 方静平, 苏亚春, 游倩等. 甘蔗β-1,3-葡聚糖酶基因的电子克隆与分析[J]. 生物信息学, 2012, 10(3): 199-207.

五、联系方式

邮箱(Email):

jinphia@fjnu.edu.cn

jingping.fang@uq.edu.au

通讯地址:

福建省福州市闽侯区福建师范大学旗山校区理工楼13#301F

(邮编:350117)