坐落于福建师范大学闽候上街新校区的福建省现代发酵技术研究工程中心成立于2003年12月20日，建筑面积5400m2，项目投资2500万元。其主管部门为福建省发展和改革委员会。工程中心作为我省生物工程产业化的孵化器，其主要任务是对我省生物工程领域具有重要开发应用价值的成果进行完整的工程化集成研究，为产业化提供成熟的技术。
主要研究方向:
微生物功能基因克隆表达与调控
工业微生物的代谢组学
工业微生物的蛋白质组学
工业微生物的基因组学
工业微生物的分子育种
生物能源与生物催化
极端微生物和宏基因组学
海洋微生物与藻类
主要技术平台:
生物大分子的纯化与制备
功能基因的克隆表达
基因的点突变
酵母双杂交系统
基因的剔除
分子杂交
蛋白质组学
酶的分子进化
工程菌高密度培养
主要研究领域:
高度不饱和脂肪酸
燃料乙醇
生物柴油
酶制剂
抗生素